Projets financés en 2011
Conception de peptides génériques inhibiteurs d’interfaces en brins β
Claire LESIEUR - AGIM-Gemini
Le projet proposé est de tester à partir de simulation sur protéine entière et de tests expérimentaux sur peptides synthétiques le lien entre type/position des acides aminés chargés et formation d’interactions β intramoléculaire, ou intermoléculaire ou fibre amyloïde et aussi de tester le caractère "générique" des peptides synthétiques ainsi produits.
Mécanique de la morphogénèse de l’embryon de drosophile ou comment la mouche peut faire pousser ses ailes
Le développement d'un embryon présente des phases de morphogenèse des plus spectaculaires. Chez la drosophile par exemple, un tissu cellulaire initialement arrangé en monocouche à la surface de l'oeuf va progressivement former un premier sillon, puis évoluer jusqu'à la formation des organes, dont les yeux, les ailes, etc.
Le phénomène morphogénétique qui sera l'objet particulier d'étude ici est la formation du sillon ventral de l'embryon de drosophile.
Approche multi-échelle de la dynamique de régulation des gènes mécanosensibles chez les cellules souches végétales.
Chromatin-based regulatory mechanisms of the pol II transcription cycle has an important role in establishing and maintaining transcriptional program in complement to transcription factors activity. The chromatin structure (nucleosome positioning, nucleosome stability, higher-order compaction) is regulated by sequence specificity of the histone octamer and by various chromatin regulators such as chromatin remodelling factors, histone chaperones and post-translational histones modifiers. Histone tails modifications and histone variants incorporation constitute an epigenetic layer of control that directly influences chromatin structure or serves as a signaling platform for other chromatin regulatory protein complexes. Our objective here is to provide a stochastic modelling (Coulon 2010) of chromatin-based regulation of gene activation that take into account both the genome and the epigenome organisation at the enhancer and promoter regions of the particular sets of mechanosensitive genes.
Utilisation des modèles graphiques probabilistes dans la prise en charge de l’ostéoporose
Alexandre AUSSEM
Construction d’un interactome dynamique et quantitatif régulant l’angiogenèse
Sylvie RICARD-BLUM - UMR 5086-UCB LYON 1
Le but de ce projet est i) d’élaborer un interactome dynamique et quantitatif des matricryptines régulant l’angiogenèse à partir du réseau d’interactions statique que nous avons construit en intégrant aux données d’interactions de MatrixDB l’ensemble des données décrites ci-dessous, et ii) de le visualiser et de l’analyser. C’est un préalable à l’élaboration d’un modèle mathématique de ce système complexe qui permettrait de déterminer le ou les mécanisme(s) de régulation de l’angiogenèse par les matricryptines, de prédire certains effets secondaires de traitement par ces matricryptines et d’optimiser les études précliniques et cliniques réalisées actuellement avec certaines d’entre elles comme l’endostatine.
Signaux fractionnaires dans un réseau de neurones mesuré par un réseau d’électrodes (Fracnets)
Guillaume BECQ - Gipsa-lab
Le projet s'intéresse à un système complexe particulier, la mesure de l'activité d'un réseau de neurones à partir d'un réseau d'électrodes. Ce système est lui-même formé de plusieurs sous systèmes complexes : un réseau de neurones biologiques (simulé par ordinateur dans notre étude) ; un milieu de propagation certainement non homogène et diffusif ; le couplage neurone-électrode ou électrode-électrolyte dont la complexité à l'échelle micrométrique génèrent des lois de puissances non entières.
L’objectif du projet et d’identifier la part de chaque sous système dans la génération des propriétés spectrales mesurées globalement : la part liée au réseau de neurones, celle liée à la propagation de l’activité à travers le milieu environnant, celles liées aux électrodes. Ceci permettra de différencier ce qui est dû au phénomène d’intérêt comme l'information circulant entre les neurones, de ce qui est dû à l’artefact apporté par la mesure et nous permettra de valider nos méthodes de traitement du signal sur ce type de système
Towards an understanding of Microtubule sidewall breathing
The objective of the proposed project is the description of MT dynamics subject to external forces. Since MTs are highly complex biochemical structures, they will be treated with a reductionist approach, which makes use of the hierarchy of interaction energies between tubuline monomers, dimers, and protofilaments. The whole structure of the MT acts as an integrator of numerous physical and biochemical factors to perform its cellular function. We attempt to elucidate one specific regulation mechanism: the interplay between external forces, the local bending rigidity, sidewall breathing and acetylation. Furthermore the interplay between mechanical stress distribution and lattice breathing events is non-trivial, since local changes in the lattice structure, will affect the global stress distribution and vice versa.
De l’inférence de réseaux de gènes à l’inférence de réseaux de modèles de gènes
Olivier GANDRILLON - CGPHIMC – BM2A